本學院創立於民國前十年，是我國軍事院校中歷史最悠久之學府。本學院之前身為軍醫學校；民國三十六年六月一日與戰時衛生人員訓練所及其分校、分所等十三個單位，合併組成國防醫學院於上海江灣，為醫學中心制。民國三十八年，隨政府遷台至台北水源地。民國七十二年七月一日，原已屬教學醫院之三軍總醫院正式歸併為本學院之直屬教學醫院，使本學院教育組織型態更趨密切。為因應國防醫學發展及配合時代之需要，培育高級師資及研究人才，並充實基層幹部，先後增設博、碩士班研究所及衛勤專科等教育班次。民國八十八年底，於「國防醫學中心整建工程」完工後，搬遷至內湖現址。