醫學系下轄18個臨床學科，分別為內科學科、外科學科、婦產學科、小兒學科、神經學科、復健醫學科、家庭醫學科、放射診斷學科、核子醫學科、病理學科、耳鼻喉學科、眼科學科、皮膚學科、麻醉學科、骨科學科、精神醫學科、放射腫瘤學科、急診醫學科等，各學科分科明確詳實，並涵蓋整個醫學領域，提供學生優良之學習環境。除上述科部外「 病理及寄生蟲研究所」、「 航太及海底醫學研究所」及「醫學科學研究所」等三個單位亦納入醫學系下，拓展增廣學生學習的領域。
各臨床學科依其特色及性質，可再分成幾個細分科，今詳述如下：
內科學科(部)：胸腔內科、腎臟內科、血液腫瘤科、內分泌及新陳代謝科、感染及熱帶醫學科、風濕免疫過敏科、胃腸科、心臟內科及內科加護中心。
外科學科(部)：一般外科、小兒外科、胸腔外科、泌尿外科、心臟血管外科、大腸直腸外科、整形外科、燒傷中心、實驗外科、創傷科。
婦產學科(部)：婦科、產科、生殖內分泌及婦瘤科。
小兒學科(部)：新生兒及小兒加護中心、一般兒科、小兒心臟科及小兒感染免疫科。
麻醉學科(部)：臨床麻醉科、疼痛治療科及外科加護中心。
病理學科(部)：一般病理科、外科病理科、實驗病理科、臨床病理科及血庫組。
骨科學科(部)：一般骨科、創傷骨科、脊椎骨科及運動醫學科。
放射腫瘤學科(部)：放射治療科、放射物理科。
放射診斷學科(部)：一般診斷科、神經系統診斷科、心肺血管診斷科、超音波診斷科及婦女保健中心。
復健醫學科(部)：物理治療科、職能治療科。
核子醫學科(部)：核子診斷科、核子製藥科。
眼科學科(部)：一般眼科、視力保健科、視覺功能科。
耳鼻喉學科(部)：耳顯微外科、聽覺功能科、鼻咽喉病科。
精神醫學科(部)：一般及軍陣精神科、生物醫學精神科、兒童及青少年精神科。
神經學科(部)：一般神經科、周邊神經科、中樞神經科。
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- 更新日期:2022-10-30