國防醫學院前身為北洋軍醫學堂，創設於民國前十年（1902年）之天津東門外海運局舊址，初期只招收醫科學生，於民國前四年（1908年)成立藥科，當時係仿照日本藥學教育肄業三年之制度，首開我國藥學教育之大學學制之始。民國前一年（1911年）藥科第一期畢業，本學系大學部每年一期班乃傳承此一淵源，其中有五個期班因戰爭因素停招，但民國九十七年（2008年）為本學系建系百年，亦是我國藥學教育百週年。本學系百年來的系史就如同近代藥學教育史經歷北伐、對日抗戰及國共內戰等因素，反映了期間的動蕩不安。依校址所在地及西元年可分作三個時期，分別是1908年至1949年的大陸時期，搬遷至台灣後，1949年至1999年的水源時期及2000年至今的內湖時期。
大陸時期因戰爭關係，本學系配合學校多次的遷移。主因由於政局混亂，教學受時局影響。民國元年北洋軍醫學堂更名為陸軍學校，民國七年學校自天津遷至北平，本學系在天津校區前後畢業六期。自民國八年迄十七年北伐成功，計共畢業七期至十三期。民國十八年藥學學制由三年改為四年（15期開始），民國二十年九一八事變，日本侵略我國東三省，民國二十二年學校遷南京漢府街臨秦淮河，民國二十五年學校更名為軍醫學校，隔年七月七日全面對日抗戰，由於日軍於八月十三日侵犯上海，南京危迫，九月學校南遷廣州。民國二十七年戰事迫近廣州，學校先遷廣西桂林，於二十八年二月遷貴州安順北門外貴西營房。民國二十八年至三十四年，藥科當時分作六個學系及一研究所，包括基本化學系、藥劑學系、製藥化學系、生藥學系、藥品檢驗學系、化學兵器學系及藥品製造研究所。藥品製造研究所供學生實習，並製造注射液供應軍需。當時開發出藥品如咖啡因、白降汞、黃降汞、糖漿劑、粉散劑、複方甘草片、氧化鋅軟膏等，對抗戰期間的醫療衛生事業貢獻卓越。當時生產的酒精除了供給醫療用外，在物資及油品匱乏之際，更充當車輛之燃料能源。民國三十五年軍醫學校於上海江灣復原，民國三十六年學校改組，合併軍醫預備團及陸軍衛訓所等單位正式更名為國防醫學院。民國三十五年招收的藥科三十四期，是本學系遷台後之第一屆，這期班同學對臺灣藥學的發展曾是相當重要的推手。
民國三十八年（1949年）大陸局勢紛危，國防醫學院隨軍搬遷來台，在台北市水源地省訓團舊址，做為復校之水源校區，即今台北市南區自來水事業處對面（現屬台大水源校區），此處之供水廠最早於1908年創立，目前停用改為自來水博物館，本學系巧與自來水廠同年創立，並在水源校區做了半世紀的鄰居（1949~1999）。本學系搬遷來台之初，當時臺灣並無大專藥學科系，學系則有劉壽文（15期）、譚增毅（21期）、李蔚汶（23期）、黎漢德（24期）等四位專任老師，由劉壽文老師擔任在台首屆系主任，期間本學系師資作育英才無數，不僅對於本學系的復建戮力付出，對臺灣藥學與製藥之發展亦貢獻卓著。台灣大學藥學系於1953年成立初期，本學系老師協助相關教學。台北醫學大學藥學院於1960年成立之初，本學系老師也多給予協助。中國醫藥大學藥學系創立時，黎漢德老師更是重要幹部，曾負責多門藥學專業課程並曾擔任該校之訓導長。榮民製藥廠是本學系老師應用實驗室設備篳路藍縷於1960年建立。而景德製藥廠於1965年也在學系老師之規劃下順利創建，由於黎漢德老師有相當貢獻，因而以他的名字『德』和出資人共同作為藥廠之名稱。隨著台灣經濟的起飛，本學系逐漸成長，民國五十七年藥學系於生物化學研究所成立藥物化學組開始招收碩士班研究生。此時期藥學課程主要培育具藥物製造、調劑及管理專長之藥學人才。大學部除自費僑生外，餘為軍費生，畢業後須在軍旅服務，主要任務是軍中衛材補給及擔任國軍醫院藥局藥師業務。
民國六十三年金明儒老師（34期）接替劉壽文老師繼任在台第二屆系主任，金主任全力擴展學系之服務為國軍及社會貢獻。並於1974年創立財團法人中華藥學研究基金會，是國內第一個藥學研究基金會。同年並成立國軍衛材檢驗中心，協助國軍各單位所採購醫療衛材之檢驗，對醫療藥品品質之提升具重大影響。
民國六十九年鍾柄泓老師（40期）繼任在台第三屆系主任，積極培育教師人才，在其任職期間有多位年輕助教出國進修，對學系之教學研究持續發展有重大建樹。民國七十二及七十三年期間，學有專精的老師陸續自美學成歸國，包括：美國奧克拉荷馬大學藥劑學博士王大鵬（55期）（藥劑及藥物分析）、美國密西根大學藥物化學博士李安榮（57期）（藥物化學）、美國北卡羅來那大學藥物化學博士張鵬（57期）（天然物化學）、美國愛荷華大學藥劑學博士江樵熹（59期）（藥劑及生物藥劑學）、美國佛羅里達大學藥動學博士胡幼圃（60期）（藥物動力學）、美國密西根大學藥物化學博士陳基旺（60期）（藥物化學）。
民國七十四年劉剛劍老師（39期）接替鍾柄泓老師繼任在台第四屆系主任，同年藥學系正式成立藥學研究所招收碩士班研究生，並採系所合一，劉主任兼任所長。此時期藥學系在藥學專業人才之培育，從以往以藥品導向逐漸進展以病人為中心之臨床藥學及藥事照顧，藥師除了需具備製藥科學的知識外，必須兼有藥物治療學知識，作為病人藥物療程中的管理人或協調人，與醫療團隊人員經協同合作為病人謀取最大福祉。學院開始規劃台北內湖原工兵學校之校園作為未來含三軍總醫院之國醫中心新校區，在學系老師的積極參與和設計，國醫中心主體大樓之九樓也規劃為本學系之教學及研究所之現在位置。而此時期，有學系畢業或經由本學系生化研究所藥物化學組碩士班畢業留任系上之老師，自美國進修取得博士學位返國，包括：美國密西根大學藥物化學博士徐令儀（62期）（藥物化學）、美國愛荷華大學藥劑學博士陳甘霖（藥劑學）、美國北卡羅來那大學藥物化學博士林漢欽（天然物化學）、及美國俄亥俄大學藥物化學博士陳秀和（藥物化學）。
民國八十一年王大鵬老師（55期）接替劉剛劍主任繼任藥學系在台第五屆系主任，王大鵬主任任職期間加強與產業界及醫療院所之合作關系，本學院與永信製藥廠簽訂建教合作關系，同時聘任包括三軍總醫院及台北、台中及高雄三家榮民總醫院藥局主任及優良藥師擔任兼任老師或臨床指導老師，大學部學生之藥廠與醫院藥局實習皆在建教合作之機構實施。民國八十三年本學系大學部開始招收女生（81期），雖然僅有員額一名，但有其時代意義。在此期間本學系至國內外高等學府進修學成返校有美國猶他大學藥劑學博士蘇慕寰（61期）（藥劑及藥物分析）、美國亞利桑那大學藥學博士譚延輝（63期）（藥物經濟學）、美國威斯康辛大學藥物化學博士胡明寬（63期）（藥物化學）、台大藥學研究所博士張溫良（66期）（天然物化學）、美國密西根大學藥劑學博士鮑力恒（67期）（藥物動力學）及德國雷根思堡大學藥物化學博士黃旭山（68期）（藥物化學）等。胡幼圃老師於民國八十七年借調到衛生署擔任藥政處處長（1998~2002），主管全國藥政業務，並協助成立醫藥品查驗中心、藥害救濟基金會，積極奠定我國藥政現代化基礎。同時藥學研究所（碩士班）在教學研究上也分作四組，包括為：藥物化學組、生藥學組、藥劑學組及臨床藥學組，各組分別招生，更有助於老師教學及研究發展之提昇。
民國八十八年李安榮老師（57期）接替王大鵬主任繼任藥學系在台第六屆系主任，同年內湖國醫中心興建完成，學系在邁入千禧年之際圓滿的遷入主體大樓九樓。從此開啟了2000年至今之內湖時期。全新的大樓，具中央空調系統，現代化之管線規劃（氮氣、壓縮空氣及抽真空），完善之實驗設備及空間，房間為三層之排列，內外兩層房間為學生實驗室或老師研究室，中層作為公用儀器室或設備室，動線規劃相當便捷。此期間進修獲得博士學位之老師有美國奧斯汀德州大學藥物化學博士黃文鑫（68期）（藥物化學）、美國密西根大學藥劑學博士張立乾（71期）（藥物分析及藥劑學）、國防醫學院生科所博士陳錦龍（70期）（藥劑學）及美國俄亥俄大學藥劑學博士胡德民（72期）（臨床藥物動力學）。
民國九十四年五月江樵熹老師（59期）接替李安榮主任繼任藥學系在台第七屆系主任，開始進行大學校務評鑑，在學系老師與同仁之配合下，順利完成第一次自我評鑑工作。然而由於國防部自民國八十六年實施國軍精實及精進案裁減人員，對學系教師造成嚴重之衝擊，此時期藥學系編制開始自最高時曾有二十一員編制員額逐年調降。此期間獲得博士學位進修學成歸國有之老師有美國亞利桑那大學藥學博士王孟廷（77期）（藥物流行病學與藥事經濟學）。
民國九十七年五月黃旭山老師（68期）接替江樵熹主任繼任藥學系在台第八屆系主任，同年九月嚴逸釗講師（83期）（天然物化學）由三軍總醫院臨床藥學部調至本系服務，此時學系編制已正式縮編成教師十一員及一位助教。在學系老師與同仁之努力下，於民國九十八年十月八日順利並完成第二次系所自我評鑑工作。民國一O二年八月胡明寬老師（63期）接替江樵熹代主任繼任藥學系在台第九屆系主任。此期間在學系老師與同仁之努力下，本學系陸續於民國一O二年及一O四年間順利完成第三次及第四次自我評鑑工作，並於民國一O五年五月二至三日接受大學校院第二週期系所評鑑實地訪評，獲頒財團法人高等教育評鑑中心基金會評鑑「通過」。自民國一O四年起，本系大學部學制改為六年制的『新制藥學」學制，而因應教學需求，本時期有國防醫學院生科所博士王鴻展（82期）（藥劑學及藥物動力學）及何宜蓉（82期）（病毒藥物學）由空軍司令部及預醫所經局屬徵才調入學系服務。在學校支持下，學系規劃進行師資培育，分別有藥學所碩士高育婷講師（95期）由陸軍金門防衛指揮部支援營及林書儀講師（95期）由花蓮總醫院衛保室調至學系服務，民國一O七年八月新增一名軍職中尉助教職缺由101期吳禮瑋留任。
民國一O八年八月張立乾老師（71期）接替胡明寬主任繼任藥學系在台第十屆系主任。林書儀講師於同年八月前往美國南加州大學進修博士學位，所空職缺經局屬徵才，由林家暘講師（96期）自三軍總醫院核醫部調入學系接續規劃師資培訓。而民國一O九年一月獲軍醫局及學校支持增編教師員額二員，經局屬徵才，藥學所碩士羅智暉講師（96期）由花蓮總醫院衛保室調入學系服務。民國一O九年八月吳禮瑋助教（101期）送訓本系研究所全時進修碩士學位。民國一一O年八月本學系留任許書豪助教（102期，六年制第一屆）。高育婷講師派赴美國密西根大學藥學院進修藥物化學博士學位，同年九月林家暘講師亦派赴英國諾丁漢大學藥學院進修藥物化學博士學位，延續學系師資培育計畫。同年十一月顏慧如助理教授（85期）由本院預醫所調至本系服務。