國防醫學院藥學系成立於1908年，是我國第一所培育完整藥學專才之最高學府，肩負教學、研究與服務三大任務。為符合當前藥學教育潮流，本系於104年全面實施「六年藥學教育」，而藥學研究所則依照教學以及研究專業，分為：藥物科學組、藥劑學組、臨床藥學組。
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