國防醫學院校訓是博愛忠真，教育目標為培育忠誠愛國、允文允武、術德兼備、體格強健、並具有人文關懷及高度專業素養之現代化軍醫(醫師)。本系所設立之宗旨與教育目標與校務發展之中心理念及精神相符，也與現代化牙醫專業或學術研究發展趨勢相符：
大學部：
教育宗旨
培養「文武兼修、術德兼備」之牙醫師
教育目標
1.創新專業
2.人文關懷
3.軍陣牙醫
4.終身學習
研究所：
軍陣人文、多元創新、團隊研發
1.臨床與基礎並重
2.理論與實務兼具
3.創新研發急難醫學